本機關成立於民國三十九年原隸屬建設局，嗣於民國五十六年奉令隸屬警察局受其指揮監督直至民國六十八年七月一日本市改為院轄市，奉行政院核定改隸屬工務局。
後又於民國九十一年七月二十二日奉高雄市議會第五屆第十二次臨時會第六次會議通過組織修編案，修改機關名稱為：高雄市政府工務局違章建築處理大隊。
九十九年十二月二十五日高雄縣、市合併改制，本大隊配合修編，奉准設置大隊長一人、副大隊長一人、下設三組、一室，
預算員額為：員37人、工93人、合計130人。
一零六年三月一日本大隊配合工務局修編，移撥一人
預算員額為：員36人、工93人、合計129人。